Solid One, você disse:
No entanto, na minha opinião isso não é muito preocupante não. Por mais que sejam deixados "rastros" no sistema, dificilmente eles poderão ser utilizados para prejudicar a máquina. Como o núcleo do sistema é Linux, este torna-se bastante resistente a esse tipo de falhas.
Pode ser que não prejudique o sistema, mas com o tempo o deixa mais lento com arquivos inúteis, não?
Bom, vai depender do tipo do arquivo, e a lentidão é tão pouca que quase não se nota.
Por exemplo, se o arquivo for um atalho situado em "~/.local/share/applications", este possivelmente será listado no menu do Unity / Gnome / Mate / Cinnamon. Se você tiver muitos atalhos gerados por programas windows que você não usa mais, estes atalhos acumulados poderia, por exemplo, levar o menu a demorar um pouco mais para carregar. Mas para você sentir mesmo a lentidão, teria que ter muitos atalhos não-utilizados, tipo mais de 1000 (o que é um cenário meio improvável).
A propósito, me equivoquei em uma explicação: Eu disse que o Wine por si só não consegue criar associações de arquivos. Engano meu, pois as versões mais recentes do Wine conseguem fazer associações de arquivos após a instalação. É como se a associação Windows fosse detectada e implementada no Ubuntu. Exemplo disso é quando você instala o Winrar no seu PC: ele tomará a associação de arquivos RAR e ZIP do File-Roller, aplicativo padrão de descompactação de arquivos no Ubuntu.