Como ficou a partição final? Uma única partição ocupada pelo Ubuntu? Se tiver sorte seus dados ainda estão lá, porque na hora da formatação é só indicado que o HD está livre para ser usado, mas não preenche com zeros todo o HD. Existem alguns programas que fazem isso, tem o recuva, getdataback e o foremost, mas não manjo muito, usei apenas uma vez um desses programas. O pessoal aqui do fórum sabe mais.
Cara, não sei porque isso aconteceu, pelo que você contou as duas versões do ubuntu se comportaram de maneiras diferentes em relação à partição de arquivos. A melhor coisa a se fazer é instalar o Ubuntu em
modo avançado, última opção do instalador do Ubuntu. Nunca ocorreu um problema desses comigo, você indica explicitamente qual partição será apagada e qual se manterá intacta, e ainda escolhe os pontos de montagem (/, /boot, /home, /windows e etc).
Outra dica que te dou é usar o Ubuntu One ou Dropbox para sincronizar com suas pastas e arquivos mais importantes. Daí se acontece um negócio desses você está a salvo, pois pode acessar pelo navegador web seus arquivos, ou sincronizar com outro computador ou com o que foi apagado sem querer. Se quiser ter o Ubuntu One:
https://one.ubuntu.com/referrals/referee/928771/, tanto eu como você ganha mais 500 MB além dos 5 GB disponíveis inicialmente. Esse negócio já me salvou, meu HD deu problema e ficou tudo salvo lá no ubuntu one.
