a interface do gnome parece ter sido planejada para telas touch, consequentemente cada vez mais os aplicativos padrão do gnome se tornam mais otimizados para dispositivos moveis como tablets e talvez celulares, o nautilus parece só acompanhar, se tornando cada vez mais simples (o que não quer dizer melhor).
o kde 4 pelo contrario parece ser mais otimizado para desktop e notebook (uso de teclado e mouse), e parece que o futuro kde 5 também continuara nessa direção.
assim como o nomade disse, o melhor para quem precise de recursos não disponíveis no nautilus é trocar de gerenciador de arquivos, existem forks até mesmo do nautilus 3.x, como do 2.x, além de outros como o já citado thunar e até mesmo o dolphin do kde.
