O Rhythmbox aqui na minha máquina tava causando problema parecido... Notei que era apenas porque ele estava indexando músicas de outra partição não montada. Bastou fechar Rhythmbox e abrí-lo novamente que tudo se resolveu.
De geral o Rhythmbox consome apenas 3-5% da CPU e +- 21Mb de memória.
Uso há anos e estou satisfeito com ele.