Bom, depois de muito procurar, encontrei a solução que apenas combate, mas não evita que volte a acontecer. Segurando as teclas Alt + Windows(Janelinha do windows do lado do Alt) e apertando o botão direito do mouse em cima de cada elemento eu consigo retirar todos os elementos duplicados adicionados automaticamente pelo processo.
Entretanto, ainda não sei a razão disso ocorrer nem como evitar. Ou seja, trabalhando com driver nvidia current updates, ao tentar usar dois monitores sem ser como clones, mas como complementares com o Xinerama, o sistema duplica as barras e seus apetrechos no monitor principal. Além disso, o Compiz trava direto e a barra lateral volta a ter aquele tamanho grande padrão, sem poder ter seu tamanho alterado, como é comum após usar o driver proprietário 3d da nvidia.
Enfim usar 2 monitores nesses termos zoneia a área de trabalho toda. Funciona, mas faz sujeira. Agora, pelo menos, aprendi a limpar.