Ola Mikael,
Eu estava com a mesma pretensão, lembrei de quando usava o Windows existe um programa muito bom chamado format factory esse programa é uma blz converte quase tudo pra tudo e te da essa possibilidade de tirar audio de videos, cortar videos enfim é um conversor universal... depois de algumas pesquisas no google muitos usuarios me indicaram o programa Winff e foi assim que consegui o que eu conseguia com o Format Factory ( uma lagrima cai de meus olhos só de falar neste programa).
Comece instalando esses codecs se não a conversão para MP3 nao ira funcionar:
sudo apt-get install libavcodec-extra-52 libavcodec-dev
Atualize o cache do apt-get.
sudo apt-get update
Instale o software Winff
sudo apt-get install winff
Após a instalação sera criado um icone do programa no menu de aplicativos, ou se preferir pode executar o comando $winff no terminal que vai dar no mesmo.
Detalhe se quiser tirar o audio do video , selecione o video, e na caixa de "Converter" voce coloca AUDIO e na outra caixa abaixo "Presets" MP3 clique em converter e veja o arquivo de saida que sera gerado no local padrão do programa /home/seu_usuario.
Eu tive problemas no começo com MP3, estava dando erro pois nao estava achando o codec "libmp3lame", resolvi instalando os pacotes indicados "libavcodec-extra-52, libavcodec-dev".
Instala aew e posta aqui para gente saber se deu certo abç e boa sorte!