Ola
Não uso o rhythmbox, mas por curiosidade, veja se em sua pasta pessoal existe um arquivo oculto .rhythmbox
Copie ele para um local seguro, e remova o arquivo da pasta pessoal.
Se suas configurações sumirem, este arquivo é o que contém as suas preferências.
Volte ele de onde o copiou para dentro de sua pasta pessoal e veja se tudo volta ao normal.
Com isto voce confirmaria que a pasta .rhythmbox é a que contém seus dados de preferências.
Se não existir .rhythmbox, use locate rhythmbox
Deveriam estar na pasta /usr/share
Se não quiser fazer em seu usuario, crie um novo usuario para fazer estes teste, ou use o live cd do Ubuntu
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