Senhores, de alguma forma, depois de algum tempo, o Synaptic voltou a funcionar de forma correta, ou seja, testei desmarcar o que queria (as PPA's) e tuuuudo ocorreu sem nenhum problema. Vejam só, minha crítica era devido ao fato de que no Synaptic em repositórios, eu não conseguia desmarcar os PPA's (nenhum), mais agora, é só ir lá e... pronto.
Enfim, muito obrigado a todos vocês.