Amigão, no Wine assim como no Windows muitos arquivos do sistema operacional não são usados por determinados programas. Se os arquivos são deletados eles são repostos pois o Wine precisa deles, o mesmo ocorre no Windows, há uma pasta de backup de arquivos importantes do sistema, dai quando eles são removidos ou modificados o sistema volta a colocar eles usando uma cópia que está armazenada.
Você pode tanto criar um atalho para seus programas e colocar fora dessa pasta (para não ter de abrir) como deixar de usar o Wine, mas se acha que o Windows XP lhe serviria melhor sinta-se livre para usar ele, ninguém aqui pediu ou vai pedir para usar o Ubuntu (ou o Wine).
Apenas saiba que o Windows XP tem o mesmo comportamento, pode ser mais rápido para abrir uma pasta assim por ser nativo, mas é a mesma base.