Não, como o proprio site do remastersys indica.
Voce configura seu Ubuntu como quiser, e depois cria a sua propria "distro".
Como estiver configurada a sua maquina com os ambientes graficos instalados e com os programas escolhidos, ela vai estar no remastersys.
No pendrive não dá.
Agora, como já falei, se deseja, no momento da instalação escolher o ambiente grafico, tera que editar o Ubiquity ( Lembrei!!!!) que é o pacote de instalação do Ubuntu, personalizá-lo, gravar em uma máquina e só depois remasterizar com o remastersys. Mas isto é para quem tem muito conhecimento.
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