Não é bemmm assim.
Se voce tem duas senhas, (root e sudo) voce teóricamente teria mais segurança.
Como o Ubuntu não é para um servidor de missão critica ( pode ser feito ), ele usa o sudo pois dá mais comodidade.
O certo mesmo, seria voltar aos velhos tempos de Linux, onde não existia o sudo, su, etc. Era root e usuario e ponto final.
Para acessar como root, voce deslogava de seu usuario, entrava como root, fazia as alterações e deslogava do root.
Mas não é isto que deixou seu sistema vulnerável. Eu apostaria mais em voce ter alterado alguma permissão de pasta e não se lembrar. Quem "fuça" ( eu incluso ) e nunca fez isto que atire a primeira pedra....
Para deixar seu GNU/Linux mais seguro, basta ter uma conta de convidado, sem poderes de root, sudo e o escambau, quando for entrar em msn, orkut, sites pornô, trackers de bittorrent e p2p por exemplo.
Uma conta sem acessos de superusuario tem seu nucleo restrito apenas à pasta pessoal. Se invadirem, basta remover e criar outro perfil, isto já basta.
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