Só o que vi de "estranho" foi o uso do diretório de cache em modo "diskd", ao invés do "ufs", que é padrão.
Agora, uma outra coisa que notei foi que você usa os logs e os caches em um diretório que foge ao padrão do squid, normalmente os logs ficam em /var/log/squid, enquanto os caches ficam em /var/cache/squid. Você os jogou todos em /etc/squid, vc verificou a criação desses diretórios normalmente?
Eu não recomendaria fazer isso, pois um dos motivos de colocar esses arquivos sob "/var" é que é comum que o "/var" fique numa partição separada da partição raiz. Sendo partições muito movimentadas, no caso de um crash no sistema, você pode induzir uma falha no sistema de arquivos em /var, sem colocar o boot em risco.
Enfim, experimente aumentar o tamanho permitido para os elementos em memória, que agora está em 16KB, para, sei lá, 1MB (mudar "maximum_object_size_in_memory 16 KB" para "maximum_object_size_in_memory 1024 KB"). Se não melhorar o desempenho, é só voltar ao valor anterior.