No caso, você vai acessar pelo terminal a pasta onde você baixou o script. Por exemplo, se você baixou na pasta /home/USUARIO/Downloads, você pode acessá-la da seguinte forma:
cd ~/Downloads
Note que o ~ (til) é um apelido para sua pasta de usuário. Se, por exemplo, seu usuário se chamar doug (aquele que você configurar na instalação do sistema), o ~ é um apelido para /home/doug. Abaixo, segue uma forma "copiar-e-colar" de como usar esse tutorial:
Abra o terminal:
mkdir multicd
cd multicd
wget -c http://downloads.tuxfamily.org/multicd/multicd-7.0.sh
Acima, nós criamos a pasta multicd (mkdir multicd) dentro da sua pasta de usuário e entramos nela pelo terminal (cd multicd). Nessa pasta você deve inserir as isos que você deseja juntar. Depois, baixamos o a última versão do script (7.0, atualizado em 10/02/2012). Não feche o terminal! Em seguida, digite o seguinte:
chmod + x multicd-*.sh
sudo ./multicd-*.sh
Acima, demos permissão de execução ao script (chmod + x multicd-*.sh), e depois o executamos (sudo ./multicd-*.sh). Com isso ele deve gerar a imagem das isos unificadas.
Eu vi que adicionaram um pacote .deb no site do multicd, mas eu não testei ainda. Pode tentar instalá-lo também.