Abra a sua pasta de usuário e aperte ctrl+h para mostrar os arquivos ocultos (pastas e arquivos que começam por ponto). Basta copiar a pasta .themes para algum outro lugar, mas só isso pode não bastar, pois muitos usam engines (como o Murrine, ClearLooks, etc) e que devem ser instalados posteriormente, sob pena dos temas não serem visualizados corretamente. Essa pasta .themes deve então ser colocada na pasta de usuário da sua nova instalação de Linux, isso usando o Gnome, hehehe...