No Ubuntu 11.04, não temos mais a opção de de adicionar o Tomboy pelo applet painel, somente por acessórios>Tomboy, o problema é que temos que configurá-lo para iniciar com o sistema e minimizado, coisa que antes, adicionando pelo painel não precisava, parece que os caras ao invés de facilitar, complicam algumas coisas a cada atualização.
Para resolver este problema temos que ir em sistema>preferencias>aplicativos de sessão>adicionar:
Tomboy
tomboy --tray-icon
Assim ele irá iniciar minimizado no tray a cada boot.