Obrigado pelas respostas e perguntas, vamos lá então:
1. o espaço total do disco no Disk Utility é de 262GB, o espaço fisico ocupado é de 44GB para 430 mil arquivos, o espaço real seria uns 26/27GB, o problema é que são milhares de arquivos pequeninos, .js, .gif, .jpg, .png, .css, .java, .jsp, .class e por ai vai.
Eu estou tentando copiar uma pasta com 1.8GB de espaço real em cerca de 150 mil arquivos.
Verifiquei coisas como a que vc.s falaram e todos eles estão vazios, pois na verdade sempre deleto com shift-Delete,
Quanto a descompactar e compactar, pode ser que funcione, mais não seria algo meio estranho de fazer, para tudo que eu fosse copiar para este disco?
Estou copiando tudo que tenho nesta partição para um outro HD que está em FAT32, para então re-criar está partição como sendo uma partição Linux.
Pois fico receioso de trabalhar com algo tão estranho, quanto isto de imcompatibilidade do NTFS com Linux.
De toda forma se alguem souber de uma solução definitiva, será bem vindo tbm.
Obrigado pela atenção!
Wilson