O Listen é ainda um pouco imaturo. Não se trata ainda de um aplicativo estável, porisso os problemas de funcionalidade. Tente mesmo o Banshee e o velho e bom Rhythmbox. Este último, por ser o aplicativo oficial, tem, inclusive, melhor suporte por parte do Ubuntu.
O APT de fato checa todas as dependências, mas não resolve todos os problemas, principalmente quando o aplicativo não chegou ainda a uma versão madura, como é o caso do Listen, Audacious ou BMPx. Um pouco mais de tempo e, provavelmente, todos eles terão pacotes confiáveis para o Dapper.