O maior incômodo para mim, por ter Ambos GNOME e KDE instalados é que alguns aplicativos do KDE aparece nos menus do Gnome e alguns aplicativos do Gnome aparecem nos menus do KDE. Enquanto isto não é uma "coisa ruim", eu prefiro fazer sem isso.
Para evitar que aplicações de KDE de aparecer nos menus do Gnome e vice-versa, faça o seguinte antes de instalar o kubuntu-desktop:
Você também pode criar um pequeno script cleaner.sh com ele a seguir e execute-o como root)
$ sudo -s -H
#cd /usr/share/applications
#for i in *.desktop; do \
# if ! grep -q ^OnlyShowIn= $i; then \
# echo ‘OnlyShowIn=GNOME;’ >> $i \
# fi
#done
Agora, depois de instalar o kubuntu-desktop:
$cd /usr/share/applications/kde
$sudo -s -H
#for i in *.desktop; do
# if ! grep -q ^OnlyShowIn= $i; then
# echo ‘OnlyShowIn=KDE;’ >> $i
# fi
#done
Essa dica procede?