Se eu consegui entender o problema (tá difícil..
), ele está enviando os arquivos pro linux por FTP anônimo, isso faz com que eles sejam recebidos no usuário "ftp".
Quando tenta usar/alterar com o usuário dele, dá erro de permissão. Alterar as permissões só funciona com os arquivos que existem; quando novos arquivos são criados, as permissões padrão são aplicadas.
A solução seria parar de usar FTP anônimo e passar a se autenticar com o nome do usuário linux.