Eu canso de avisar isso, se instalar o KDE junto do Gnome ou vice-versa fica tudo misturado, com aplicações dos dois ambientes gráficos aparecendo nos menus de ambos. Acho que vc pode resolver isso instalando o KDE com outro usuário, ou seja, vc tem um usuário usando o Gnome e o outro usando KDE, mas não sei se vai separar tudo um do outro, a única forma de ter 100% de separação é instalar a sua distro com KDE em outra partição, em uma instalação nova.