Mesmo que os arquivos dessa emulação permitam ao vírus se "instalar" via WINE, ele ainda sim, não seria nenhuma ameaça ao sistema de arquivos do Linux, ou mesmo ao carregador de Boot em uso. Ele não seria nem mesmo capaz de efetuar um keylogging fora do WINE, ou fuçar arquivos privados da conta de usuário em atividade. Sim! A sua conta no Linux. A mesma pela qual você está utilizando o desktop e executando programas Windows via WINE, que (em teoria) não possui privilégios administrativos.
Ainda sim, caso o vírus tenha como alvo o WINE, para poder estar ativo, o mesmo irá precisar da "extrema falta de atenção", ou "total falta de conhecimento" do usuário, para se tornar uma ameaça real. Claro que, vírus com esse foco podem começar a ser desenvolvidos em massa pelos crackers de plantão. E o alvo principal seriam os usuários iniciantes de Linux.