Update da 8.04 para a 9.04, sem passar pela 8.10? Se fez isso (nem sei como é possível) o cups não será de certeza o único problema com que ficou na máquina.
Em primeiro lugar, não faça o comando sudo. Entre como root e faça simplesmente
apt-get remove cups
Se quer um conselho, não apague ficheiros. Um ficheiro de configuração inocente em linux apagado manualmente e arrisca-se a formatar a máquina. Acredite!
Depois, o cups ter problemas de permissão é estranho, ainda mais no etc. Para mais, não vejo nada de anormal... Isso deve ter a ver com um problema no apt-get. Experimente como root fazer
apt-get clean
apt-get autoremove
apt-get update
apt-get -f install
Se mesmo assim não der detalhe um pouco mais a sua situação. Só tem linha de comando, tem ambiente gráfico, o SO encrava, esse tipo de informação, para ver como posso ajudá-lo. Se tentar fazer as coisas assim (à Windows) fica sem SO antes do fim do dia. Há uma boa razão para o esquema de protecções (via permissões) aos ficheiros do SO, e é por serem tão! sensíveis...