obrigado pela resposta,
minha pasta /usr/share/indicators/messages tem o arquivo pidgin, que aponta para outro arquivo /usr/share/applications/pidgin.desktop.
deletei o arquivo que tinha sobre o ubuntuOne e funcionou.
já tentei reinstalar o pidgin ,via aptitude resinstall, purge/install, e ainda não funciona.
EDIT:
eu vi que o ubuntuOne nao estava mais la assim que iniciei a sessao.
mas ele aparece depois que o processo se inicia.
pra verificar se era isso mesmo matei o processo dele e sumiu do correio, como esperado.