@rruella Funciona da seguinte maneira: quando você formata a partição que está a raiz do sistema tudo que está lá é apagado, só que você pode especificar pontos de montagem para partes especificas (como o /home) e como está em outra partição o seu conteúdo é preservado. Ex:
/ - sda3
/home - sda5
Se eu formato sda3 tudo que está lá é apagado (/bin, /usr, /etc, /var...) mas o conteúdo do /home que está em sda5 permanece preservado.
A grande questão é saber o que você esta formatando e o que você está preservando.
No /home só ficam arquivos de configuração e arquivos do usuário, os programas ficam em /usr/bin e alguns em /opt. Quando dizem que conservam os aplicativos, na verdade, a maioria quer dizer que os arquivos de configurações dos programas estão a salvo, então quando você instala o programa novamente, ele estará da forma que você havia configurado previamente.