Eu tbm não usaria este comando, pois não vejo a nescessidade de limpar o cache do apt.
É que tu deve ter sempre espaço em disco sobrando.
Eu não sei porque, mas esse problema de espaço em disco em minhas máquinas pessoais me perseguem e sempre me perseguiram. Agora mesmo, 400 mega livre em um disco de 80 giga, é bucha de canhão!
Olha, sempre usei o autoremove e nunca deu galho em 3 anos que uso Ubuntu, mas.... sabe-se lá