Ola companheiro, tente desinstalar:
sudo aptitude remove --purge vlc
depois no terminal(gksu nautilus) como root va ate var->cache->apt->arquives e apague o .deb do vlc aqui sao 4 na minha maquina.
depois;
sudo apt-get update
sudo aptitude install vlc
configure ele na aba video para saida de video Open GL salve e feche.