Não entendi bem o que você quer fazer, mas se o problema é permissão negada muito provavelmente só precisa usar o
sudo antes do comando, não?
Para mover vários arquivos/diretórios para um mesmo lugar, e uma mesma linha de comando basta listar tudo, tipo assim:
mv diretorio1 diretorio2 diretorio3 arquivo1 arquivoN diretorioX diretorio_destino/
É isso?
Entendendo que
diretorio1, diretorio2, diretorio3, arquivo1, arquivoN diretorioX são a origem e (logicamente) devem existir, enquanto o último nome da lista (
diretorio_destino) é o destino....