A linha:
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 39 not upgraded.
Diz que vc tem 39 pacotes que não foram atualizados. Primeiro, atualize os pacotes. Segundo, pesquise sobre sessões X11 remotas, me parece uma solução mais elegante que rodar o VNC no servidor.
Um VPS deveria ser um servidor. Pelas regras de segurança, quando menos serviços rodando em um servidor melhor. Afinal de contas, por que vc precisa de interface gráfica no servidor ?