Consegui resolver, pessoal.
Eu abri o Gconf-editor e fui em : apps > nautilus > preferences
Há duas opções lá:
navigation_window_saved_geometry 1288x890...( esse valor é fixo mas pode ser alterado, descobri depois)
navigation_window_saved_maximized ( )
Como nada que eu fizesse na segunda opção funcionasse, eu parti pra de cima e com o botão direito do mouse eu escolhi 'desativa chave', daí o valor dela caiu pra 698x498+148+110 (eu poderia ter alterado na mão, mas do jeito que ficou está ótimo ).
Com todas as janelas do Nautilus deu certo, agora me resta descobrir como fazer com as janelas de alguns programas que ainda insistem em ficar maximizadas o tempo todo.
Eu quis fazer isso pq sempre no windows, quando vc clica em 'maximizar' com a janela aberta, o explorer redimensiona pra um tamanho menor de 1/4 da tela, daí eu precisava disso tmb no Ubuntu.
Mas descobri, fica aí a dica.