Apagar os arquivos da partição $HOME não devem a princípio causar problemas no boot, ou no funcionamento do sistema, podendo causar problemas talvez para os usuários que perderam a $HOME.
Acho que se você colocar sua $HOME em um HD externo você terá que dar boot todas as vezes usando ele.
Agora uma coisa posso dizer, você pode colocar sua $HOME no mesmo HD, na mesma partição, em HD's separados, até em outra máquina... isso ai depende é de você.