Boa Noite, Vitor!
Tive este mesmo problema e só ontem consegui achar uma solução.
Você ativou os efeitos visuais do Compiz? Se sim, ele é que está causando estes problemas dos atalhos não funcioarem. A solução para isso é simples, desative os efeitos visuais. Sei que vai ficar feio o visual do Ubuntu, mas aí as teclas funcionarão corretamente.
O Metisse melhora bastante o visual do Ubuntu, embora não tenha tantos recursos 3D como o Compiz, mas garante um visual bastante agradável. Depois de desativar os efeitos visuais, o Compiz estará desativado. Ative a composição do Metisse e os seus problemas estarão resolvidos.
Vou te dar uma dica: baixe e instale o Ubuntu Tweak ele facilita diversas configurações que você precisaria fazer através do gconf-editor. Entre as opções dele estão a configuração das teclas de atalho personalizadas e a ativação da composição do Metisse.
Espero que consiga resolver seu problema. Qualquer coisa me fale que tento te ajudar.