Tive problemas com meu servidor proxy/gateway usando debian 4. Resolvi trocando a máquina, hehe. O hardware era muito antigo e o HD estava pedindo arrego, ocasionando alguns kernels panics
Troquei por uma máquina nova e coloquei o...
Debian Lenny.
Até queria colocar o Ubuntu server 10.04 LTS, mas como ainda estava em março, não podia esperar pela versão final, nem ia colocar um beta como server...
Sobre o sarg, o meu as vezes "erra" ao gerar o index.html. Mas o relatório está lá, tudo detalhado, mas não fica listado no index, resolvido facilmente com um index-maker.
Caso identifique que o problema não seja no hardware, recomendo tentar reinstalar os pacotes que apresentam problemas, como o Tota indicou.
Tire essa idéia 'Windows' da cabeça, formatar só em último caso, pelo menos quandos e trata de um server de produção.