Você tem algum firewall instalado no ubuntu?
Você tem conexão direta com a internet, ou está atrás de um router/proxy/firewall?
Você instalou o amule direto do apt-get/synaptic ou você baixou o deb do forum oficial do amule?
A versão do synaptic, pelo menos até um tempo atrás, era na verdade o "Amule-Adunanza", que é uma versão do amule feita especialmente pra uma rede italiana (eu acho). O pessoal do MOTU fez essa cagada de incluir essa versão nos repositórios como se fosse a versão oficial. Então se for o seu caso, vá no forum no amule oficial e procure lá o pacote pra sua versão do ubuntu.