Não quero mais Windows na maquina. Quero manter o Ubuntu como sistema unico em um dos HD e usar o outro HD apenas para armazenar arquivos.
Agora entendi...
Existe um programa chamdo Gparted que formata e particiona seu HD.
Para instalar o mesmo abra o terminal e digite:
sudo apt-get install gparted
(caso não funcione (pois não sei se a letra "G" tem que ser maiúscula ou minúscula), pode instalar via Synaptic.
Abra o Synaptic de em procura digite "Gparted" e marque para instalação.
Após instalar o mesmo, abra e format com a extensão ext3 e pronto! Já poderá colocar seus arquivos nela!!!
Agora, o HD que está instalado o ubuntu tem que ser "jumpeado" como master e o de dados como slave. As partições ficarão como sda e sdb, sendo sda como o do sistema operacional e o sdb como o de dados (lembrando que as denominações mudam de acordo com seu HD, no exemplo estou imaginando seu HD como um SATA); se for um IDE (não acredito que seja) seria hda para o sistema operacional e hdb para o dados.
Espero ter ajudado!!!