Cara, aconteceu comigo algo parecidíssimo.
Coloca o CD de instalação inicializa como Teste do ubuntu LIVE-CD, daí vc vai no [Sistema]>[Editor de Partições] Escolha a partição onde está instalado o ubuntu e Cliquei com o botão direito, daí vc seleciona VERIFICAR ou em Ingles CHECK, daí deixa rodar.
Pronto. só isso depois é so iniciar o ubuntu normal
Abraço
Espero ter ajudado, caso resolva coloca resolvido no post
flw