Olá, boa noite.
Pelo que entendi, sumiram as barras nos programas (como você disse, botão fechar e minimizar), e não o painel, certo?
Tive esse problema no Xubuntu depois que instalei o Compiz. Mexi, mexi e mexi de novo. Solução: Removi.
Eu ainda não reinstalei, mas tente remover o pacote e instalar de novo.