Se vc pretende usar os dois HDs instale o Ubuntu no HD vazio.
Para isso é só alocar espaço para criar uma partição Ext3 e uma swap.
Se vc tem o Live CD entre no terminal (fica em Aplicações > Acessórios > Terminal) e abra o gparted :
sudo gparted
Redimensione a partição NTFS que está no HD vazio (Resize/Move no gparted).
Deixe um espaço de 20 GB para Ubuntu e um de 1 GB para a swap.
Crie as partições : Ext3 no espaço de 20 GB e swap no espaço de 1 GB.
Quando for instalar o Ubuntu escolha particionamento Manual e a partição Ext3 criada.
No final da instalação o instalador pergunta se vc quer instalar o Grub na MBR.
Respoda sim e quando reiniciar o computador vc terá o Ubuntu e o Windows para escolher no boot.
Caso vc queira ficar só com o HD do XP vc poderá fazer o mesmo procedimento acima, só que teria rodar o scandisk e defrag primeiro e, fazer backup dos seus dados mais importantes pelo risco de perda no redimensionamento.