Realmente, existe uma infinidade de coisas que você pode monitorar e várias maneiras que você pode fazer. Você vai ter que analisar específicamente o foco. Porém na minha humilde opinião acho que você deve começar com o ssh pois se você não conseguir fazer com ele então vai ser muito dificil conseguir outra ferramenta que o faça.
Por falar nisso, esse assunto de acesso remoto veio em bom momento. Eu to precisando de um "bash over http". Andei procurando alguma coisa mas todas soluções possuem um miniaplicativo e no final são apenas "bash over ssh" e isso infelizmente não me serve. Já começei a preparar um ambiente pra desenvolver um em php que utilize o ssl do apache porém algum de vocês pode conhecer alguma solução pronta ou meio caminho andado em termos de "code" e eu seria muito muito grato.