Cara eu tenho o NetBeans instalado aqui (versão 6.5 também) e não presenciei nenhuma instabilidade. A única diferença da minha configuração para sua é o Ubuntu, que aqui é 32bits.
Faça o seguinte, baixe a versão 6.1 e veja se ocorre as mesmos problemas. Assim você vê se o problema está no Ubuntu ou no NetBeans.