Para lembrar....
O GNU/Llinux é derivado do Unix, ( O Windows foi inspirado no Unix ) e o Unix foi criado para mainframes, computadores do tamanho de uma sala.
Quando voce boota o Linux, ele checa a integridade dos discos ( todos ) não importando o formato deste disco ( NTFS, HFS, DOS, FAT, SOLARIS, EXT1, 2 ou 3, REISERFS, etc. )
Se um deles estiver marcado como "sujo", o Linux ignora este disco ( ou partição ) e impede sua montagem para proteger o sistema contra corrupção de dados ( extremamente inteligente )
Então não importa o sistema, um disco marcado não vai ser acessado.
O windows é mais egoísta, e assume no boot que ele é o unico sistema instalado na máquina, então ele não "enxerga" outros formatos que não os dele ( DOS, FAT e NTFS ) e assume que só existe um disco na máquina ( herança dos primeiros Pc's com discos de 10 megas apenas )
Então se tenho apenas um disco, eu checo apenas se eu fui desligado sem erros na ultima sessão, se ok eu dou o boot. ( é mais rápido mas não verifiquei se os dados estão realmente OK ), mas isto não é uma verdade absoluta, pois eu posso ter fragmentação de memoria, que escreveu dados errados no disco e mesmo assim ele desligou, e marcou como OK.
É um dos grandes defeitos do Windows desde o DOS ate os dias de hoje.
O GNU/Linux não tem culpa de tentar se proteger.
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