O xorg não é do KDE nem do GNOME, é servidor gráfico onde os dois ambientes rodam, entenda como uma uma camada a mais, entre o gerenciador de janelas e o driver de vídeo.
Sobre o seu problema de configuração, na gambiarra, quando tudo estiver funcionando, abra um Nautilus (como root, com o sudo) e edite o arquivo xorg.conf colocando-o como "somente leitura", assim evitaria que o mesmo seja editado por um programa qualquer.