O que estou vendo aqui em sua dúvida é um problema conceitual.
No GNU/Linux pastas não são realmente "pastas", mas um arquivo com uma indicação de onde estão os outros arquivos.( UHHH?
?)
Sim é isto. Logo, ela também tem permissões como os "arquivos".
Então, quando você transferiu de lugar a pasta A, ela levou consigo as permissões, e o local onde estavam os arqivos 1_A, etc.
Logo, na "volta" da pasta A ao local de origem, como ela não é uma "pasta" mas um arquivo, ela não é sobrescrita, mas acrescenta os arquivos novos.
No inicio é complicado de entender, mas a arquitetura do GNU/Linux foi sempre pensada em segurança.
A solução é apagar a pasta (ex.) /Home/A antes de mover de/xxx/A para /home/A.
Agora vamos piorar a coisa.
Existem diferenças entre o comando cp ( copy ) e o comando mv ( move)
No comando mv ( que é o que voce esta usando ) os arquivos 1_A permanecem e os arquivos 1A são adicionados no arquivo "pasta".
Lembre que voce, usuario, não mandou apagar os arquivos 1-A, só a "pasta" e ela é um arquivo chamado pasta, logo eles permanecem.
A resposta acima é como a "coisa"
realmente funciona.
Voce pode pesquisar na Net por "hierarquia de pastas e arquivos no Linux" caso minha resposta te pareça meio doida de entender.
[],s