o q acontece é q quando vc ativa os drivers 3d, o proprio ubuntu ativa os efeitos da area de trabalho, também conhecido como compiz fusion, daí dá essa impressao, pra desativar basta clicar com o botao direito na area de trabalho, alterar plano de fundo, ir na aba efeitos visuais e colocar nenhum, daí vc desativa os efeitos.