De nada bruno_S
Que bom que resolveu
As conseguências: O .gconf de usuário normal geralmente tem mais conteúdo do que o .gconf do usuário root, então, substituindo pelo do usuário normal, pode ocorrer alguma alteração na configuração do comportamento do Gnome em modo root, nada drástico, no máximo seu root ficaria parecido com seu usuário normal em termos de interface gráfica e configurações da mesma. Mas pode haver uma chance remota de problemas com permissões. E consequências que não temos conhecimento, até hoje utilizo este método para configurar o meu root (Comprtamento do GNOME igual ao do meu usuário normal) e nunca tive problema. Mas fica ai o aviso.
Agora se você subistituiu apenas a pasta nautilus dentro da pasta .gconf, diminui bastante os riscos.
Além disso, da pra disfazer tudo. Caso você note algo errado, qualquer coisa, volte neste tópico para restaurarmos as suas configurações originais, caso precise de ajuda para isso. Por isso dei a dica de fazer os Backups.