Eu tinha esse mesmo problema com alguns aplicativos instalados para rodar pelo Wine nas versões anteriores do meu Ubuntu e Wine, mas agora no 8.04 e no Wine 1.0 não tenho mais este problema.
Que versão do Ubuntu e Wine você utiliza?
De qualquer forma, não lembro bem, mas acredito que o comando para abrir aplicativos com o Wine é este:
wine "caminho-do-aplicativo.exe"
Porém não sei se este é o comando que o Nautilus utiliza para abrir aplicativos do Wine.
Uso a ultima versão do Wine (1.1.2).
Tambem já tentei fazer o atalho usando este comando ai, mas não adianta, nem da sinal de vida. Só funciona quando entro no Naulitus e clico com botão da direita sobre o arquivo e clico em "run with CrossOver".
Minha ideia foi abrir o terminar como root e por lá abrir o Nautilus, assim ele registra todos os comandos que executo no Nautilus. O problema é que fazendo isso, ele não me deixa ver as pastas ocultas no Nautilus, ai nem tenho como chegar ate o Dreamweaver.
Pior é que os lançadores que o Crossover cria para os outros programas, funcionam numa boa.
O do Dreamweaver é: "/home/skidvicious/.cxoffice/winxp/desktopdata/cxmenu/StartMenu.C^5E3A^5Fwindows^5Fprofiles^5Fcrossover^5FStart^2BMenu/Programs/Macromedia/Macromedia+Dreamweaver+MX+2004"
e o do Photoshop (que funciona) é: "/home/skidvicious/.cxoffice/winxp/desktopdata/cxmenu/StartMenu.C^5E3A^5Fwindows^5Fprofiles^5Fcrossover^5FStart^2BMenu/Programs/Adobe+Photoshop+CS2"
Bastaria saber que comando o Nautilius executa quando eu clico em "run with CrossOver", que meu problema terminaria.