Edite o /etc/X11/xorg.conf:
Section "Monitor"
Identifier "Generic Monitor"
Option "DPMS"
HorizSync 30-66
VertRefresh 50-160
Modeline "1280x1024@60" 83.91 1280 1312 1624 1656 800 816 824 841
DisplaySize 338 270 # 1280x1024 96dpi
EndSection
Essa linha DisplaySize varia conforme sua resolução e ela serve para deixar as fontes em 96dpi. Depois de adicionar ela ao /etc/X11/xorg.conf, reinicie o X (Ctrl+Alt+Backspace) e rode esses comandos:
xdpyinfo | grep dimensions
xdpyinfo | grep resolution
É obrigado a aparecer que está em 96x96 dots per inch (pontos por polegada).
Agora vá em Sistema > Preferências > Fontes > Detalhes e configure para 96dpi.
Baseado na dica:
http://www.ubuntuforums.org/showthread.php?t=20976