CHKDSK /P /R => procura e recupera os arquivos de inicialização do Windows.
O Grub que o WUBI monta pode ter causado erro no setor de inicialização do seu Windows.
Tente refazer o setor de inicialização do windows com CHKDSK /P /R e torne a executar o instalador do WUBI, porem sem baixar os arquivos, e sim nos que você já baixou, somente para ele inserir os arquivos dele na inicialização.