Os repositórios Universe e Multiverse são suportados "extra-oficialmente" por trazerem pacotes que têm problemas com patentes.
A verdade, infelizmente, é que não é possível usar o Linux para substituir o Windows usando apenas os pacotes totalmente livres, até porque, por exemplo, não se teria um suporte completo aos formatos multimídia comuns na Internet.
Eu também sempre fiz todas as atualizações e nunca tive problemas aparentes, ou seja, problemas que pudessem ser debitados diretamente ao que foi atualizado.
As atualizações são recomendadas e passam por um período de teste no repositório "proposed" (que também já deixei habilitado sem problemas) antes de serem disponibilizadas.
No mais, bem-vindo ao Linux e ao Ubuntu.