Caro Ednix,
O que o nosso amigo cyberlion quis dizer, apesar da ocorrência de um pequeno erro na digitação, é que o desktop é uma versão LiveCD, ou seja, permite que o sistema seja iniciado a partir do cdrom, muito útil quando não se quer instalar o sistema ou deseja fazer reparos numa instalação problemática. Além disso, essa distribuição permite também instalar o sistema com uma interface gráfica e intuitiva.
Já a versão alternate é apenas para instalação do sistema e não permite inicializar o sistema pelo cdrom. Como cyberlion disse, muito útil quando desejamos instalar o sistema em modo texto, quando queremos fazer instalações OEM ou em casos de instalação em servidores.