Você pode conseguir isto como um efeito do compiz-fusion, ou então (caso não tenha ele) pode abrir o terminal, clicar em Editar > Peril, clique no perfil na lista Perfil (provavelmente de nome Padrão), e em Editar.
Vá a aba Efeitos, selecione Fundo Transparente, e pronto.
--EDIT--
Acho que escrevi besteira. O compiz-fusion só melhora o efeito, se não me engano.